Ada banyak penyebab aborsi spontan berulang, dengan kelainan anatomi mencapai 10%, terutama persiapan apa pun yang memengaruhi aliran darah ke rahim dan endometrium akan menyebabkan keguguran. Malformasi kongenital rahim adalah penyebab umum keguguran dini. Anomali uterus meliputi uterus longitudinal, uterus unicornuate dan uterus bicornuate, yang mengakibatkan rongga uterus kecil yang tidak dapat mengembang untuk mengakomodasi perkembangan dan pengeluaran embrio, dan aliran darah yang buruk ke uterus longitudinal, sehingga tidak cocok untuk perkembangan embrio. Perkembangan kongenital yang tidak normal pada serviks, atau trauma akibat aborsi selama awal kehamilan, mengakibatkan pembukaan serviks yang longgar yang tidak dapat menahan tekanan intrauterin dari janin yang membesar dan menyebabkan keguguran. Dalam beberapa tahun terakhir, telah terjadi peningkatan yang nyata dalam jumlah operasi intrauterin, yang mengakibatkan pembentukan adhesi uterus yang traumatis, yang merusak rongga uterus dan, dalam kasus-kasus yang berat, mempengaruhi pembentukan tempat tidur dan plasenta, yang mengakibatkan keguguran dini. Insiden fibroid tinggi pada wanita, dan apabila fibroid submukosa berukuran besar, fibroid ini akan menyumbat rongga rahim dan mempengaruhi implantasi, yang menyebabkan keguguran. Kelainan bentuk rahim dapat diobati dengan operasi plastik, fibroid dapat diobati dengan miomektomi atau pisau terfokus ultrasound, pemisahan histeroskopi adhesi uterus dan ligasi endoserviks pada usia kehamilan 16-20 minggu pada kasus pembukaan endoserviks yang lembek.