Penis pendek dapat berdampak besar pada perkembangan psikologis pasien, terutama pada masa remaja, mengakibatkan rendahnya harga diri dan depresi, yang dalam jangka panjang dapat menyebabkan gangguan psikologis yang serius seperti rendahnya harga diri seksual dan apatisme seksual. Bagi pria yang sudah menikah, penis pendek akan mempengaruhi kualitas kehidupan pernikahan, yang pada gilirannya mempengaruhi keharmonisan keluarga, sementara beberapa pasien dengan penis pendek akan disertai dengan kemandulan, sehingga mempengaruhi reproduksi generasi berikutnya.