Mikropenis didefinisikan sebagai penis yang normal dalam penampilan tetapi panjangnya kurang dari 2,5 standar deviasi dari panjang rata-rata untuk usianya, tetapi ada kekurangan nilai referensi standar otoritatif. Karena diagnosis ini secara psikologis membuat stres bagi pria dan biasanya memiliki dampak serius pada kepercayaan diri, perhatian khusus harus diberikan pada pengukuran dengan memegang kepala penis selurus mungkin sehingga panjangnya sesuai dengan panjang penis yang ereksi penuh dan menggunakan pita pengukur untuk mengukur jarak dari depan simfisis pubis ke ujung kepala penis.
Banyak pria dengan perkembangan penis yang normal sering membandingkan penis mereka dengan pria lain, dan jika mereka menemukan bahwa penis mereka lebih pendek daripada pria lain, mereka mungkin memiliki harga diri yang rendah dan ketakutan dan mencari bantuan medis. Dalam kasus anak-anak, perlu dinilai secara berbeda sesuai dengan usia spesifik mereka.