Perawatan untuk pasien dengan penis pendek terutama didasarkan pada penyebab penyakit.
Jika penis pendek disebabkan oleh kadar hormon yang tidak normal dalam tubuh, pengobatan dapat digunakan untuk mengatur situasi hormonal pasien untuk mendorong perkembangan penis pendek ke tingkat normal kembali. Dalam kasus di mana pengobatan tidak efektif setelah pubertas, atau di mana ada kombinasi kelainan bentuk penis lainnya, perawatan bedah, terutama pemanjangan penis, dapat dipertimbangkan.