Semua obat terapi target memiliki efek samping, dan obat yang berbeda memiliki efek sampingnya masing-masing. Sebagai contoh, sorafenib, yang digunakan untuk mengobati kanker ginjal stadium lanjut yang tidak dapat dioperasi dan kanker hati stadium lanjut, memiliki efek samping seperti hipertensi, ruam, sindrom tangan-kaki, diare, dan perforasi. Sunitinib memiliki reaksi yang merugikan seperti kelelahan, rasa tidak enak badan, demam, diare, muntah dan gangguan pencernaan.