Hal ini disebabkan oleh displasia rahim serta gangguan endokrin. Endometrium berproliferasi dan luruh di bawah pengaturan estrogen dan progesteron, dan setelah luruh, endometrium dibuang melalui serviks dan vagina untuk membentuk menstruasi.
Ketika pasien memiliki rahim displastik tanpa endometrium atau rongga rahim, atau ketika endometrium terlalu tipis dan tidak merespon stimulasi estrogen, tidak ada pertumbuhan endometrium yang teratur dan luruh, tidak ada menstruasi yang dapat terbentuk; ketika tidak ada vagina, menstruasi tidak dapat mengalir keluar dan nyeri perut periodik dapat terjadi, sehingga semua kondisi ini dapat menyebabkan tidak adanya menstruasi.