Diagnosis diferensial disfagia bukanlah diagnosis diferensial berdasarkan gejala, tetapi berdasarkan apa yang menyebabkan penyakit atau bagaimana menentukan penyebab disfagia. Jenis disfagia yang paling umum termasuk stroke, penyakit neuromuskular dan kanker atau oklusi rongga mulut, faring atau esofagus, serta penyakit yang lebih umum seperti radang esofagus dan radang rongga mulut. Sebagian besar pasien dengan disfagia yang disebabkan oleh kanker esofagus tidak mengalami disfagia pada stadium awal, tetapi pada stadium menengah, disfagia progresif dapat terjadi. Jika terdapat disfagia progresif, penting untuk mempertimbangkan adanya kanker esofagus atau jenis penyakit lainnya. Ini adalah jenis gangguan menelan yang terjadi di kemudian hari dan lebih terkait dengan keadaan pikiran atau suasana hati pasien.