Penyebab utama cegukan pagi hari adalah: 1. dingin di malam hari, karena suhu dingin di malam hari, ketika tidur, menghirup banyak udara dingin, mengakibatkan kejang diafragma dan cegukan pagi hari. 2. Konsumsi alkohol berat, seperti konsumsi alkohol jangka panjang atau konsumsi alkohol berat sehari sebelumnya, karena efek alkohol menghambat busur refleks otak otak yang tertunda, mengakibatkan hilangnya refleks otak untuk menghambat cegukan, sehingga fenomena cegukan pagi hari akan terjadi. 3. Stimulasi saraf vagus, terutama terlihat pada gastritis, pankreatitis, kanker lambung dan dilatasi lambung, menstimulasi saraf vagus diafragma di pagi hari karena menipisnya posisi tubuh saat bangun tidur, sehingga terjadi fenomena cegukan pagi hari. 4. Stimulasi saraf frenikus, seperti esofagitis, kanker esofagus dan aneurisma aorta toraks, juga merangsang saraf frenikus di pagi hari karena perubahan posisi tubuh, mengakibatkan fenomena cegukan pagi hari.