Kapan virus ini akan sepenuhnya dikeluarkan dari tubuh setelah pengobatan? Virus HPV yang sebenarnya biasanya merupakan lapisan superfisial dari kulit dan sel selaput lendir, epidermis, dan jarang memasuki lapisan kulit dermal. Mayoritas virus dapat dihilangkan 3 bulan setelah pengobatan jika tidak ada kekambuhan. 90% dari sistem kekebalan tubuh pasien secara bertahap akan menghilangkan HPV yang tersisa dalam waktu sekitar dua tahun setelah pengobatan. Pasien yang sudah lama mengonsumsi obat imunosupresif, misalnya, atau yang menderita diabetes atau AIDS. Pasien-pasien ini mengalami pertempuran yang panjang dan berulang-ulang antara virus HPV dan sistem kekebalan tubuh, tetapi secara umum sistem kekebalan tubuh biasanya mampu menghancurkan virus.