Kehamilan bukanlah kontraindikasi mutlak untuk kolonoskopi. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa kolonoskopi selama kehamilan dapat meningkatkan risiko kelahiran prematur dan janin dengan berat badan lahir rendah, tetapi tidak meningkatkan risiko malformasi janin atau lahir mati, yang berarti bahwa kolonoskopi tidak akan berdampak fatal pada kehidupan janin; dan penelitian telah menunjukkan bahwa sigmoidoskopi lebih aman daripada kolonoskopi penuh.
Oleh karena itu, jika kondisi ibu hamil sangat mendesak, dokter perlu menilai sepenuhnya kondisi fisik dan gejala ibu, dan jika situasinya memungkinkan, mintalah konsultasi gastroenterologi dan obstetri dan ginekologi untuk menilai sepenuhnya kondisi ibu dan kondisi janin, dan setelah komunikasi penuh dengan keluarga ibu hamil, pilih modalitas dan waktu yang tepat untuk pemeriksaan.
Penting juga untuk dicatat bahwa benzodiazepin harus dihindari ketika melakukan kolonoskopi.