Penyebab bau mulut bersifat multifaktorial dan tidak ada satu buah pun yang telah ditemukan sebagai pengobatan yang baik untuk halitosis. Sebagian besar bau mulut disebabkan oleh infeksi bakteri pada jaringan di mulut saja. Contohnya adalah karies gigi yang disebabkan oleh bakteri yang menginfeksi jaringan keras gigi, atau periodontitis yang disebabkan oleh bakteri yang menginfeksi jaringan periodontal. Sebagian besar bakteri ini bersifat anaerobik, dan di antara bakteri anaerobik adalah podococci aerobik, yang dengan sendirinya dapat memecah zat-zat di dalam mulut dan menghasilkan gas yang mengandung belerang, yang memiliki bau yang berbeda dan merupakan penyebab langsung bau mulut. Dari sudut pandang ini, tidak ada 1 buah pun yang memiliki kemampuan untuk membunuh bakteri ini begitu saja, dan bahkan jika antibiotik diterapkan, efek membunuh bakteri tidak ideal, tetapi terutama berfungsi untuk menghambatnya. Perawatan terbaik untuk bau mulut yang disebabkan oleh penyakit-penyakit ini adalah pergi ke dokter gigi spesialis dan mengangkat lesi primer. Misalnya, dalam kasus karies gigi, bor turbin oral harus digunakan untuk menghilangkan dan memperbaiki area yang membusuk. Untuk penyakit periodontal, scaling supragingiva dan pengikisan subgingiva harus dilakukan untuk menghilangkan kalkulus periodontal dan plak. Ini adalah satu-satunya cara untuk membasmi bau mulut di mulut.