Fokus kalsifikasi multipel intrakranial, sama seperti fokus kalsifikasi tulang atau paru-paru, disebabkan oleh lesi lama atau kalsifikasi fisiologis, seperti kelenjar pineal dan ganglia basal pleksus koroid, yang akan membentuk beberapa titik kalsifikasi selama proses pertumbuhan dan perkembangan. Namun, titik-titik kalsifikasi ini biasanya tidak menimbulkan gejala apa pun pada pasien dan pasien tidak perlu terlalu khawatir. Namun, beberapa kalsifikasi multipel di otak disebabkan oleh penyakit seperti penyakit keturunan, penyakit tumor, penyakit metabolik genetik bawaan, hipoparatiroidisme, toksisitas vitamin D, dll. Dianjurkan untuk mencari penyebab-penyebab ini.