Ada banyak penyebab aborsi spontan berulang, dengan faktor endokrin 10%. Pembentukan korpus luteum setelah ovulasi mengeluarkan progesteron, yang mengubah endometrium ke dalam fase sekresi sebagai persiapan untuk implantasi sel telur yang hamil. Jika progesteron tidak cukup disekresikan, endometrium tidak siap untuk fase sekresi, yang mempengaruhi perkembangan awal embrio dan akan menyebabkan keguguran. Insufisiensi luteinising adalah penyebab endokrin yang paling umum dari kebiasaan keguguran. Insufisiensi luteinising paling sering terlihat pada wanita hamil dengan sindrom ovarium polikistik, endometriosis, induksi ovulasi yang buruk dengan A rendah. Pada pasien dengan diabetes mellitus yang tergantung insulin, aliran darah ke rahim dapat dipengaruhi oleh patologi vaskular, yang dapat mempengaruhi perkembangan embrio. Insufisiensi luteal dapat ditingkatkan dengan induksi ovulasi, fase luteal dengan HCG atau progesteron oral. Fungsi tiroid yang rendah juga merupakan predisposisi keguguran, dan suplementasi tiroid cukup, tetapi lebih jarang terlihat.