Waktu terbaik untuk mengonsumsi probiotik bagi bayi dan anak-anak adalah setengah jam setelah makan. Probiotik dapat mengatur sistem kekebalan tubuh, mengatur ketidakseimbangan flora usus, menghambat peradangan usus, meredakan diare dan sembelit, serta mengurangi terjadinya penyakit alergi. Namun demikian, sebagian besar probiotik tidak tahan terhadap asam lambung, jadi tidak dianjurkan untuk mengonsumsinya pada saat perut kosong. Setelah makan, konsentrasi asam lambung menurun, yang lebih kondusif untuk memungkinkan bakteri hidup mencapai usus dan berfungsi dengan lancar. Probiotik tidak boleh dikonsumsi bersamaan dengan antibiotik dan harus diminum setidaknya 1-2 jam terpisah. Beberapa bayi dan anak kecil mungkin mengalami perut keroncongan setelah mengonsumsi probiotik. Ini adalah fenomena fisiologis yang normal dan tidak perlu dikhawatirkan. Namun demikian, anak-anak kecil harus menghindari makanan berminyak ketika mengonsumsi probiotik, dan lebih memperhatikan pola makan dan memilih makanan dengan kandungan serat makanan yang tinggi.