Pada wanita, hipogonadisme umumnya disebabkan oleh penurunan fungsi ovarium dan penurunan produksi estrogen dan progesteron. Berkurangnya produksi estrogen dan progesteron terkadang dapat menyebabkan berkurangnya libido, berkurangnya keputihan dan bahkan hubungan seksual yang menyakitkan dan sulit pada wanita. Untuk kondisi ini, tes hormon seks wanita 6 dan fungsi tiroid diperiksa.