Infeksi bakteri, infeksi virus dan infeksi jamur hanyalah mikroorganisme patogen yang berbeda. Mikroorganisme patogen yang umum di alam terutama mencakup bakteri, virus, jamur, mikoplasma, klamidia, riketsia, dll. Infeksi jamur adalah patogen infeksi paling umum ketiga setelah infeksi bakteri dan virus. Di alam, jamur yang paling umum termasuk Candida spp. dan Aspergillus spp. Genus Candida yang paling umum adalah Candida albicans, dan ada genera non-Candida lainnya, termasuk Candida tropicalis dan Candida smoothus. Aspergillus juga lebih umum di alam dan termasuk Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatus dan Aspergillus terreus. Baik infeksi jamur maupun bakteri adalah infeksi, tetapi infeksi jamur sering kali merupakan infeksi sekunder akibat defisiensi kekebalan tubuh inang, penggunaan antibiotik spektrum luas yang berat, dan hormon dalam jumlah besar, hipotensi dalam perjalanan diabetes pasien yang sudah ada sebelumnya, dan sejumlah besar tindakan medis, sering kali dikombinasikan dengan infeksi jamur.