Ablasi invasif minimal jauh lebih kecil risikonya daripada prosedur labirin jantung terbuka. Hal ini karena ablasi invasif minimal tidak memerlukan pembentukan sirkulasi ekstrakorporeal, dan jantung tetap berdenyut selama prosedur berlangsung, sehingga menghindari komplikasi seperti emboli otak akibat sirkulasi ekstrakorporeal, dan risiko henti jantung. Prosedur ablasi invasif minimal menggunakan sayatan interkostal kecil tanpa menggergaji tulang dada atau bahkan memotong tulang rusuk, sehingga menghindari komplikasi pasca operasi seperti penyembuhan tulang yang buruk dan sangat mengurangi berbagai komplikasi seperti infeksi insisi. Dibandingkan dengan ablasi frekuensi radio berbasis kateter intervensi, ablasi invasif minimal adalah prosedur pembedahan, tetapi masih jauh lebih kecil risikonya. Karena prosedur ini dilakukan di bawah penglihatan langsung, cedera yang tidak disengaja selama ablasi dapat dihindari. Karena prosedur labirin mengisolasi vena pulmonalis di kedua sisi, tidak seperti ablasi kateter yang membakar vena pulmonalis, maka ablasi dilakukan di atrium, sehingga menghindari komplikasi yang paling umum terjadi pada ablasi kateter, yaitu stenosis vena pulmonalis. Selain itu, meskipun ablasi kateter telah dilaporkan pada kasus tamponade perikardial yang mengakibatkan kematian pasien akibat terbakarnya atrium, ablasi invasif minimal di bawah penglihatan langsung tidak membawa risiko ini dan Dr Wolf di Amerika Serikat telah melakukan hampir 1.000 prosedur ablasi invasif minimal tanpa komplikasi ini. Oleh karena itu, ablasi invasif minimal adalah prosedur bedah baru yang sangat aman, sederhana dan efektif.