Anomali genital wanita adalah kelainan pada organ genital wanita yang disebabkan oleh faktor intrinsik atau ekstrinsik yang mengganggu perkembangan embrio. Beberapa yang paling umum adalah: atresia hymen, anomali vagina, atresia serviks kongenital, anomali uterus, perkembangan abnormal tuba falopi dan ovarium, dan hermafroditisme. Atresia hymen lebih sering terjadi dan mungkin terasa tidak nyaman sebelum pubertas, tetapi setelah pubertas, darah menstruasi tidak dapat dikeluarkan dan mungkin terasa nyeri di perut bagian bawah. Kelainan vagina yang umum terjadi adalah tidak adanya lubang bawaan, atresia vagina, septum vagina memanjang dan melintang. Pada kasus anovagina kongenital, rahim biasanya tidak ada atau hanya rahim primordial yang ada, sementara pada kasus yang jarang terjadi, rahim dan ovarium normal dan vulva serta karakteristik seksual sekunder berkembang secara normal. Atresia vagina dan septum vagina melintang lengkap memiliki gejala yang mirip dengan atresia hymen dan harus ditangani sedini mungkin. Septum vagina longitudinal dan septum transversal dengan lubang di tengah, di mana darah menstruasi mengalir secara normal, paling sering terdeteksi pada saat pemeriksaan fisik atau aborsi saat melahirkan. Atresia kongenital serviks lebih jarang terjadi setelah masa pubertas karena penumpukan darah di rongga rahim dan nyeri perut bagian bawah secara berkala; penanganannya adalah dengan pembedahan untuk penetrasi serviks atau, jika serviks tidak berkembang, dengan histerektomi. Displasia uterus dapat diklasifikasikan sebagai: uterus yang tidak berkembang, uterus hipoplastik, dan perkembangan uterus abnormal. Rahim yang tidak berkembang dibagi lagi menjadi ketiadaan rahim bawaan dan rahim primordial. Pada kasus uterus displastik, aliran menstruasi rendah dan infertilitas setelah menikah dapat diobati dengan estrogen dan progesteron. Displasia uterus dapat dibagi menjadi: uterus ganda, uterus septum, uterus unicornuata, dan uterus vestigialis. Jika rahim tidak menunjukkan gejala dan tidak memengaruhi kesuburan, pengobatan tidak diperlukan. Histeroplasti dapat dilakukan untuk rahim bikornuata dan septata yang memengaruhi kesuburan. Perkembangan abnormal tuba falopi dapat diklasifikasikan sebagai tuba falopi yang tidak ada, tuba parapelvis, tuba hipopelvis, oklusi atau ketiadaan bagian tengah. Perkembangan abnormal pada tuba falopi dapat menyebabkan infertilitas atau kehamilan ektopik dan sebagian besar orang yang ingin memiliki anak akan memerlukan teknik reproduksi berbantuan. Anomali perkembangan ovarium dapat diklasifikasikan sebagai: ketiadaan ovarium unilateral, ketiadaan ovarium bilateral, atau ovarium yang berlebihan. Pada hermafroditisme, organ reproduksi kedua jenis kelamin dapat hadir pada saat yang sama, karena stimulasi androgen yang berlebihan atau tidak mencukupi pada embrio di dalam rahim. Hal ini dapat diklasifikasikan sebagai pseudohermafroditisme betina, pseudohermafroditisme jantan, dan perkembangan gonad yang tidak normal. Tes kromosom, hormon seks, 17a-hidroksiprogesteron urin, dan 17-keton urin diperlukan untuk menentukan klasifikasi yang tepat sebelum pengobatan diberikan.