Jika pasien terlahir dengan heterochromia iris kongenital, kebanyakan kasus tidak mempengaruhi kesehatan pasien dan biasanya tidak memerlukan pengobatan jika tidak disertai dengan keluhan mata dan tubuh lainnya. Pasien dengan heterochromia iris yang didapat, yang disebabkan oleh penyakit setelah lahir, harus segera mencari pertolongan medis karena dapat menyebabkan atrofi iris, penglihatan kabur, gangguan penglihatan, mata tersumbat dan lensa keruh, tergantung pada faktor penyebabnya.