Hal ini mungkin bersifat turun-temurun, dan penelitian telah menunjukkan bahwa heterochromia iris kongenital sebagian besar terkait dengan faktor genetik. Jika orang tua memiliki gen yang menyebabkan heterochromia iris, mereka mungkin akan menurunkannya kepada anak-anak mereka, tetapi hal ini tidak mutlak, dan sebagian besar kasus tidak mempengaruhi kesehatan pasien, sehingga tidak perlu terlalu khawatir. Dalam kebanyakan kasus, tidak perlu mengkhawatirkannya.