Iris mata mengandung pigmen yang menentukan warna mata, sehingga jika konsentrasi dan distribusi pigmen terpengaruh, hal ini dapat menyebabkan perbedaan warna iris mata. Contohnya, konsentrasi pigmen dalam iris menentukan bayangan warna mata, dan distribusi pigmen yang tidak merata dapat menyebabkan warna yang berbeda pada bagian iris yang berbeda dalam mata yang sama.