Mayoritas virus dapat dihilangkan 3 bulan setelah pengobatan jika tidak ada kekambuhan. 90% sistem kekebalan tubuh pasien secara bertahap akan menghilangkan HPV yang tersisa dalam waktu sekitar dua tahun setelah pengobatan, dan sangat jarang pasien mengalami infeksi HPV berulang dalam waktu yang lama. Pasien yang sudah lama mengonsumsi obat imunosupresif, misalnya, atau yang menderita diabetes atau AIDS. Pasien-pasien ini mengalami pertempuran yang panjang dan berulang-ulang antara virus HPV dan sistem kekebalan tubuh, tetapi secara umum sistem kekebalan tubuh biasanya mampu menghancurkan virus.