Etiologi hipertrofi lidah sangat kompleks, mulai dari kasus-kasus ringan termasuk trauma lidah dan peradangan lidah hingga kasus-kasus berat termasuk penyakit yang didapat seperti limfoma lidah, amiloidosis, mieloma multipel, kanker lidah, rhabdomyosarcoma, dan hipertrofi lidah pada bayi dan anak-anak dapat dilihat pada penyakit bawaan seperti sindrom Beckwith-Wiedemann, penyakit penyimpanan mukopolisakarida, sindrom Down dan kretinisme.