Atrial flutter memiliki bahaya berikut ini.
Stroke dan tromboemboli: atrial flutter meningkatkan risiko stroke iskemik dan emboli arteri sirkulasi tubuh.
Gagal jantung: baik gagal jantung maupun atrial flutter memiliki faktor risiko yang sama seperti hipertensi, diabetes dan penyakit katup jantung, dan atrial flutter meningkatkan prevalensi gagal jantung dan memperburuk gejalanya.
Infark miokard: pasien dengan atrial flutter berada pada peningkatan risiko infark miokard, tetapi hal ini tidak terlalu terkait dengan usia.