Jika batu amandel tidak dapat dikeluarkan melalui berkumur berulang-ulang oleh pasien sendiri, secara klinis dianjurkan untuk pergi ke rumah sakit untuk dibersihkan oleh dokter. Secara umum, prosesnya kira-kira seperti ini: dokter dapat menggunakan alat penghisap atau pinset kecil untuk mengupas batu amandel keluar dari ruang bawah tanah, yang lebih cocok untuk batu amandel yang terbuka dan tidak terlalu besar. Jika batu amandel relatif besar atau terkubur lebih dalam, anestesi mukosa lokal dapat digunakan untuk mengeluarkan batu dengan menggunakan pisau kecil untuk memotong mukosa dengan tepat. Prosedur ini harus dilakukan untuk menghindari batu jatuh ke dalam trakea dan membentuk benda asing di trakea. Pada pasien individu, jika batu tidak dapat diobati dengan metode ini, amandel dapat diangkat melalui pembedahan untuk menyembuhkan batu amandel.