Dalam keadaan normal, kolonoskopi di rumah sakit biasa umumnya tidak terjadi infeksi silang, rumah sakit secara rutin memiliki bagian desinfeksi, semua penggunaan instrumen didesinfeksi dan disterilkan dengan baik sebelum digunakan, Komisi Kesehatan Nasional dan rumah sakit sangat ketat dalam pengendalian infeksi rumah sakit. Rumah sakit memiliki dua langkah utama untuk mencegah infeksi silang: 1, menurut Komisi Kesehatan Nasional, rumah sakit harus meningkatkan pemeriksaan rutin pra-operasi atau pra-pemeriksaan pasien terhadap indikator infeksi, biasanya termasuk hepatitis B, sifilis, AIDS, dan hepatitis C. Hasil pemeriksaan menunjukkan hasil negatif, sebelum melanjutkan operasi atau pemeriksaan. Jika positif, rumah sakit yang memiliki sarana untuk melakukannya akan mensterilkan cermin setelah pemeriksaan dan operasi dengan menggunakan metode desinfeksi khusus. Rumah sakit yang tidak memiliki metode desinfeksi khusus akan merujuk pasien ke rumah sakit yang memiliki metode desinfeksi khusus untuk pemeriksaan; 2. Rumah sakit secara ketat mematuhi penerapan Sistem Manajemen Infeksi Rumah Sakit, dan semua barang sekali pakai yang terlibat dalam pemeriksaan akan didaur ulang dan dibuang sesuai dengan limbah medis setelah digunakan, dan instrumen yang tidak dapat dibuang sekali pakai yang digunakan dalam pemeriksaan akan disterilkan dengan ketat, dan meja operasi dan ruang operasi akan didesinfeksi dan disterilkan secara ketat, serta disinari dengan lampu ultraviolet setelah digunakan. Singkatnya, umumnya tidak perlu khawatir tentang infeksi silang saat melakukan kolonoskopi di rumah sakit biasa jika tindakan desinfeksi dilakukan dengan sempurna. Selain itu, sebelum melakukan kolonoskopi, Anda harus benar-benar mengikuti instruksi dokter untuk melakukan pemeriksaan yang relevan untuk menghindari kemungkinan infeksi silang.