Maloklusi bukanlah penyakit monogenik yang khas, tetapi memiliki kecenderungan yang jelas untuk berjalan dalam keluarga dan bersifat poligenik. Perkembangan organ gigi dan rahang dipengaruhi oleh faktor genetik dan lingkungan. Secara umum, morfologi dasar rahang lebih diatur oleh faktor genetik, sedangkan karakteristik gigi lebih dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Beberapa jenis maloklusi memiliki predisposisi genetik yang lebih jelas, seperti tonjolan mandibula dan gigi terbuka anterior. Silsilah keluarga kerajaan Jerman telah dipelajari dan ditemukan bahwa sembilan generasi berturut-turut memiliki maloklusi mandibula anterior. Genetika dapat menentukan bentuk dasar rahang dan wajah seseorang, tetapi banyak maloklusi tidak ditakdirkan untuk terjadi pada saat lahir tetapi berkembang secara bertahap dalam menanggapi beberapa faktor lingkungan yang tidak menguntungkan, sehingga banyak maloklusi yang dapat dicegah terjadinya atau perkembangannya terganggu.