Saat ini, pengobatan yang lebih disukai untuk pasien dengan sindrom usus pendek adalah terapi farmakologis dan dukungan nutrisi.
Rehabilitasi usus, pendekatan efektif yang dikembangkan berdasarkan dukungan nutrisi, adalah pilihan pengobatan terbaik saat ini untuk sindrom usus pendek dalam kasus di mana sisa usus kecil lebih baik dikompensasi dan pasien dapat kembali ke diet harian oral atau persiapan nutrisi enteral.
Bila fungsi usus tidak terkompensasi dan nutrisi parenteral tidak dapat ditoleransi, maka dapat dipertimbangkan untuk melakukan perawatan bedah.