Diare adalah gejala dan komplikasi yang paling umum dari sindrom usus pendek. Jika diare terjadi pada pasien, selama dukungan nutrisi, perhatian harus diberikan untuk memperlambat laju infus sediaan nutrisi enteral, mengurangi konsentrasi sediaan nutrisi, melakukan pemanasan atau menggunakan obat anti-diare seperti yang diresepkan oleh dokter, menerapkan obat yang menunda perjalanan isi usus dan mengurangi sekresi gastrointestinal, dll. Jika diare disebabkan oleh pola makan yang tidak tepat, struktur diet harus disesuaikan atau jumlah diet harus dikurangi atau bahkan berpuasa dan beralih ke nutrisi parenteral.
Untuk gangguan elektrolit air dan ketidakseimbangan asam basa yang disebabkan oleh diare, diperlukan suplementasi oral atau intravena, serta suplementasi vitamin dan elemen jejak.