Sebagian besar fistula anal disebabkan oleh abses perirectal, yang dapat terbentuk jika abses pecah dengan sendirinya atau jika abses diiris dan mengalir ke lubang eksternal. Karena luka eksternal tumbuh dan sembuh lebih cepat, fistula sering kali sembuh semu, yang menyebabkan pecahnya abses berulang dan terbentuknya beberapa lubang eksternal, sehingga membuat fistula anal sederhana menjadi kompleks.