Terjadinya malformasi pada embrio setelah aksi faktor teratogenik tidak hanya bergantung pada sifat faktor teratogenik dan karakteristik genetik embrio, tetapi juga pada tahap perkembangan embrio pada saat aksi faktor teratogenik. Tahap pertama mengacu pada 1 hingga 2 minggu (17 hari) setelah pembuahan (3 hingga 5 minggu setelah periode menstruasi terakhir), ketika sel-sel embrio bersifat totipotensi dan belum berdiferensiasi, dan jika tindakan faktor teratogenik ringan, sebagian besar embrio akan bertahan hidup secara normal, tetapi jika parah, seluruh embrio atau sebagian besar sel dapat rusak, yang mengakibatkan kematian atau aborsi. Tahap kedua mengacu pada minggu ke-3 hingga ke-8 (17-57 hari) setelah pembuahan (5-10 minggu setelah periode menstruasi terakhir), ketika sel-sel embrio terdiferensiasi dan sangat sensitif terhadap faktor teratogenik, yang juga dikenal sebagai tahap sensitif embrio, yang rentan terhadap teratogenisitas. Tahap ketiga adalah dari awal minggu ke-9 setelah pembuahan (11 minggu setelah periode menstruasi terakhir) hingga persalinan, ketika fungsi janin sebagian besar terganggu karena faktor yang merugikan dan kurang teratogenik. Namun, sistem saraf pusat dan organ seksual membutuhkan waktu lebih lama untuk berdiferensiasi dan berkembang, dan tetap sensitif terhadap faktor teratogenik hingga akhir kehamilan.