Abses hati disebabkan oleh mikroorganisme patogen seperti bakteri, jamur dan protozoa. Bakteri patogen yang umum termasuk Escherichia coli, kokus anaerobik, Aspergillus, Staphylococcus aureus dan Klebsiella. Rute infeksi yang umum termasuk infeksi yang berasal dari empedu, infeksi sistem vena portal dan infeksi yang ditularkan melalui darah melalui arteri hepatik.