Seberapa berbahayanya nodul kistik tergantung pada ukuran nodul dan lokasi nodul untuk membuat analisis yang objektif. Jika nodul kistik berukuran kecil dan terletak di organ superfisial, nodul kistik tidak menyebabkan kompresi organ penting, pembuluh darah atau persendian. Pada titik ini, nodul tidak terlalu berbahaya bagi tubuh dan dapat ditinjau secara dinamis dan, jika perlu, dipertimbangkan untuk operasi pengangkatan. Jika nodul kistik berukuran besar dan terletak di kelenjar tiroid, ketiak atau fossa poplitea, nodul kistik dapat menekan trakea dan esofagus dan menyebabkan kesulitan bernapas dan menelan. Kompresi pada saraf dan pembuluh darah dapat menyebabkan iskemia, hipoksia dan mati rasa pada anggota tubuh. Dalam hal ini, nodul kistik lebih berbahaya bagi tubuh dan pasien disarankan untuk menjalani operasi pengangkatan secepatnya untuk menghindari komplikasi serius.