Banyak ilmuwan dan perusahaan baru-baru ini mulai menggunakan DNA bebas tumor sebagai biomarker untuk mendeteksi kanker. Namun, sejauh ini hanya sedikit penelitian yang berhasil menemukan DNA bebas tumor otak dan sumsum tulang belakang dalam darah pasien. Kini, para peneliti di Johns Hopkins University menyatakan bahwa mereka telah mendeteksi DNA bebas kanker dalam cairan serebrospinal, dan hasil penelitian tersebut dipublikasikan dalam Proceedings of the National Academy of Sciences. Para Peneliti Mendeteksi DNA Bebas Kanker dalam Cairan Serebrospinal Dalam penelitian ini, para peneliti menganalisis 35 kasus tumor sistem saraf pusat, termasuk enam medulloblastoma dan 29 glioma. Pertama, para peneliti berusaha mengidentifikasi mutan seluler dari tumor primer, yang jaringannya dikumpulkan selama operasi pasien. Para peneliti pertama-tama menggunakan pengurutan yang ditargetkan untuk menemukan mutan pada 13 jaringan tumor, dan kemudian mengidentifikasi mutan pada tumor yang tersisa melalui pengurutan eksom. Selanjutnya, para peneliti menemukan mutan dalam cairan serebrospinal (CFS) dari jaringan tumor primer pasien dengan menggunakan teknologi pengurutan SafeSeq-S yang dikembangkan di laboratorium, yang mendeteksi mutasi pada alel dengan akurasi 1 persen. Perbedaan dalam kemampuan deteksi DNA bebas kanker Para peneliti mendeteksi DNA tumor cairan serebrospinal tingkat tinggi dari 26 pasien dengan alel mutan yang sangat bervariasi. Para penulis menyarankan bahwa tingkat variabilitas yang tinggi di antara sampel mungkin berasal dari “faktor lokasi atau biologis”. Studi lebih lanjut menemukan bahwa lokasi tumor dikaitkan dengan kemampuan deteksi DNA tumor cairan serebrospinal. Tumor yang terletak di dekat cairan serebrospinal (CSF) lebih mungkin memiliki DNA bebas tumor yang dapat dideteksi daripada tumor yang terletak di tempat lain, dengan tidak ada DNA tumor yang terdeteksi pada CSF dari lima pasien yang jaringan tumornya dikelilingi oleh otak atau sumsum tulang belakang, dan beberapa tingkat DNA bebas tumor yang terdeteksi pada cairan serebrospinal dari 24 pasien yang tumornya terletak di dekat otak. Selain lokasi tumor, para peneliti menemukan bahwa tumor bermutu tinggi lebih mungkin memiliki DNA tumor cairan serebrospinal yang dapat dideteksi dibandingkan dengan tumor bermutu rendah, sementara tumor bermutu rendah lebih mungkin memiliki DNA tumor cairan serebrospinal yang dapat dideteksi. Empat pasien yang tidak terdeteksi DNA tumor cairan serebrospinal, tetapi jaringan tumornya terletak di dekat cairan serebrospinal, semuanya adalah pasien dengan glioma tingkat rendah. Lokasi tumor pada keempat pasien ini akan membuat pembedahan menjadi lebih berbahaya. Dalam hal ini, akan sangat ideal untuk mendeteksi DNA tumor cairan serebrospinal dengan genotipe tumor yang tidak diketahui. Untuk memverifikasi hal ini, para peneliti mengurutkan seluruh genom cairan serebrospinal dari keempat pasien ini untuk menentukan DNA tumor dan membandingkan mutasi yang terdeteksi oleh seluruh genom dengan yang terdeteksi oleh SafeSeq-S. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengurutan eksom gagal mendeteksi Mutasi alel DNA tumor cairan serebrospinal dengan probabilitas 1%. Membuka pintu untuk studi longitudinal gen tumor cairan serebrospinal sebagai biomarker untuk aplikasi klinis Meskipun penemuan DNA tumor cairan serebrospinal sangat menarik, para penulis penelitian mengatakan bahwa ada kebutuhan mendesak untuk teknik yang lebih sensitif dan non-invasif untuk menilai tumor otak dan sumsum tulang belakang. Sebagai contoh, hampir 30% pasien glioblastoma menjalani pembedahan karena takut kankernya kambuh, tetapi pembedahan terbukti tidak diperlukan. Meskipun DNA bebas tumor tidak terdeteksi pada tingkat 100% dalam penelitian ini, sensitivitasnya sama atau lebih baik daripada tes non-invasif untuk keganasan lainnya, dan sangat sensitif untuk tumor yang dekat dengan cairan serebrospinal atau permukaan kortikal. Sebagai kesimpulan, para peneliti menyatakan bahwa penelitian ini merupakan “studi eksplorasi” yang membuka pintu untuk penelitian longitudinal mengenai penggunaan gen tumor cairan serebrospinal sebagai biomarker untuk uji klinis.