Dengan pengobatan yang tepat, H. pylori dapat diberantas. Namun demikian, terdapat perbedaan individual yang besar dalam hasil pengobatan, yang dipengaruhi oleh resistensi bakteri, kelayakan rejimen pengobatan dan kepatuhan pasien. Pasien yang tidak meminum obat dengan dosis penuh tepat waktu mungkin mengalami infeksi berulang; keberhasilan rejimen pengobatan mungkin sangat berkurang oleh tingginya tingkat resistensi bakteri terhadap obat; beberapa pasien memetabolisme inhibitor pompa proton lebih cepat dan obat tidak mencapai konsentrasi yang efektif. Semua dapat berkontribusi pada ketidakmampuan untuk sepenuhnya memberantas H. pylori. Untuk pasien yang baru pertama kali datang, terapi quadruple, yaitu inhibitor pompa proton + dua antibiotik + bismut, direkomendasikan sebagai pilihan pertama. Terapi tiga kali lipat asli yang digunakan, meskipun lebih murah, dapat menyebabkan resistensi obat jika pengobatan gagal, membuat pengobatan selanjutnya menjadi sulit dan tidak dianjurkan. Pengobatan biasanya diberikan selama 7 hingga 14 hari dan paling baik direkomendasikan untuk dilanjutkan selama 14 hari jika ketidaknyamanan yang disebabkan oleh obat dapat ditoleransi. Tes napas harus diulang setelah 1 bulan penghentian. Penggunaan obat secara berulang-ulang tanpa indikasi yang jelas tentang efektivitas pengobatan infeksi tidak dianjurkan, karena tidak ada jaminan kemanjuran dengan obat dan dapat menyebabkan peningkatan efek samping. Jika infeksi tidak diberantas dengan pengobatan tunggal, dianjurkan interval enam bulan sebelum pengobatan ulang. Morfologi dan kerentanan H. pylori terhadap obat akan berubah dalam jangka pendek, sehingga sulit untuk membasmi bakteri dalam jangka pendek dan meningkatkan reaksi yang merugikan. Secara klinis, disarankan untuk pergi ke rumah sakit untuk diwawancarai oleh seorang profesional medis sebelum memberikan obat karena kompleksitas pengobatan H. pylori.