Saat ini, obat lini pertama yang paling umum digunakan dalam praktik klinis dalam pengobatan prostatitis adalah antibiotik, tetapi hanya sekitar 5% pasien dengan prostatitis kronis yang memiliki infeksi bakteri yang pasti. Pilihan antibiotik didasarkan pada hasil kultur bakteri dan kemampuan obat untuk menembus prostat. Kemampuan obat untuk menembus prostat tergantung pada tingkat ionisasi, kelarutan lipid, tingkat pengikatan protein, massa molekul relatif dan struktur molekul. Antibiotik yang umum digunakan adalah fluoroquinolones (misalnya siprofloksasin, levofloksasin dan lomefloksasin), tetrasiklin (misalnya minosiklin) dan sulfonamida (misalnya kotrimoksazol). Setelah diagnosis prostatitis, pengobatan antibiotik harus diberikan selama 4-6 minggu, selama waktu itu pasien harus dievaluasi kemanjurannya. Jika pengobatan tidak memuaskan, pasien dapat dialihkan ke antibiotik sensitif lainnya. Beberapa pasien dengan jenis infeksi ini mungkin memiliki patogen intraseluler seperti Chlamydia trachomatis, Ureaplasma lyticum atau Mycoplasma humanum dan dapat diobati dengan antibiotik oral seperti tetrasiklin atau makrolida. Suntikan antibiotik intraprostatik tidak direkomendasikan sebagai pengobatan.