Sebagian besar obat pencahar memiliki berbagai tingkat efek toksik dan efek samping, dan penggunaan jangka panjang dapat menyebabkan hal-hal berikut: (1) Obat pencahar dapat mengiritasi saluran pencernaan dan menyebabkan mual, muntah, dan sakit perut; (2) Beberapa obat pencahar, seperti manitol, yang merupakan obat pencahar hipertonik, dapat menarik air dalam jumlah besar dari jaringan dinding usus dan menyebabkan dehidrasi. (3) Penyalahgunaan obat pencahar selama kehamilan, terutama pada trimester kedua, dapat menyebabkan keguguran. (4) Sejumlah kecil pasien dapat mengalami reaksi alergi, seperti ruam dan radang usus alergi. (5) Penggunaan jangka panjang juga dapat mengurangi tekanan pada sel reseptor saraf di dinding usus, sehingga lebih sulit untuk mengobati sembelit karena tidak dapat menghasilkan gerakan peristaltik dan refleks buang air besar yang normal meskipun terdapat cukup banyak kotoran di dalam usus. (6) Penggunaan senna, rhubarb, lidah buaya, dan obat pencahar stimulan lainnya dalam jangka panjang dapat menyebabkan melanosis kolon.