Pengobatan non-gonorea masih didominasi oleh terapi antibiotik. Uretritis non-gonokokal mengacu pada patogen selain Neisseria gonorrhoeae, dengan infeksi Chlamydia trachomatis dan mycoplasma yang umum terjadi, dan sebagian besar infeksi masih ditularkan secara seksual. Gejala uretritis non-gonokokal mirip dengan gejala uretritis gonorea yang sering disertai dengan nyeri saat buang air kecil dan keluarnya cairan dari uretra yang berwarna kekuningan atau bernanah, dan terkadang keputihan meningkat pada wanita. 20-50% populasi tidak memiliki gejala klinis yang jelas dan sering terdeteksi dengan pemeriksaan fisik. Pengobatan masih didasarkan pada penggunaan antibiotik yang tepat dan sensitif terhadap bakteri patogen. Misalnya, antibiotik makrolida seperti azithromycin atau roxithromycin lebih disukai untuk Mycoplasma dan Chlamydia trachomatis. Pilihan antibiotik berubah dan meningkat seiring dengan munculnya organisme yang resistan terhadap obat. Selain penggunaan antibiotik, perawatan umum seperti minum banyak air dan menjaga kebersihan juga penting. Singkatnya, pengobatan uretritis non-gonokokal masih terutama didasarkan pada terapi antibiotik. Infeksi patogen perlu diidentifikasi sebelum pengobatan dan diobati dengan segera dan simtomatik.