Prognosis untuk anak-anak dengan hernia diafragmatika kongenital bervariasi, tergantung pada jenis dan tingkat keparahan hernia. Secara umum, anak-anak tanpa komplikasi atau malformasi parah memiliki hasil bedah yang baik dan tingkat kelangsungan hidup yang tinggi; mereka yang memiliki komplikasi seperti displasia paru, hipertensi pulmonal persisten, nekrosis iskemik pada organ perut hernia, kelainan kromosom janin atau malformasi parah lainnya memiliki tingkat kelangsungan hidup yang relatif rendah.
Dalam beberapa tahun terakhir, teknik pengobatan neonatal seperti ECMO sedang dikembangkan dan tingkat kelangsungan hidup anak-anak dengan hernia diafragma kongenital telah meningkat secara signifikan.