Ada banyak penyebab ketidaknyamanan saluran cerna, dan penyebab yang lebih umum adalah dalam kategori berikut ini: 1. Disebabkan oleh pola makan, misalnya, banyak orang mengalami ketidaknyamanan saluran cerna, seperti kembung, sakit perut, atau bahkan mual dan muntah, setelah makan makanan yang dingin, berminyak, atau pedas. 2. Penyakit saluran cerna fungsional, terutama gastroskopi tidak menunjukkan kelainan apa pun, sementara ada gejala gangguan pencernaan dan ketidaknyamanan saluran cerna. 3. Lesi jinak, seperti Gastritis, tukak lambung, erosi lambung, polip lambung, polip usus, radang usus dan penyakit lainnya. Selain itu, lesi ganas pada lambung dan usus juga dapat muncul dengan gejala ketidaknyamanan gastrointestinal, seperti kanker lambung, kanker usus, limfoma, dll.