Sporozoit sering menyebabkan infeksi ketika sistem kekebalan tubuh melemah. Populasi yang rentan termasuk pasien dengan AIDS, pasien dengan imunosupresi jangka panjang, dan pasien dengan penyakit onkologis stadium akhir. Paru-paru sering terlibat dan manifestasi klinis terutama batuk yang menjengkelkan, terutama kering. Hal ini dapat disertai demam, biasanya tinggi, dan sesak napas progresif setelah aktivitas. Studi pencitraan dapat mengungkapkan perubahan difus dan kaca di kedua paru-paru. Analisis gas darah sering menunjukkan hipoksemia yang sulit diatasi, dan pengobatan dengan oksigen konvensional dan antibiotik terhadap infeksi biasanya tidak efektif. Pada pasien tanpa riwayat alergi sulfonamid, pengobatan dengan sulfametoksazol majemuk bisa sangat efektif. Pada beberapa pasien dengan hipoksemia yang signifikan, kombinasi methylprednisolone juga dapat digunakan untuk pengobatan.