Mikrodelesi faktor azoospermia adalah salah satu perubahan genetik yang umum terjadi pada pria azoospermik dan oligospermik berat. Saat ini diketahui bahwa mikrodelesi faktor azoospermia sebagian besar berada di tiga daerah yang tumpang tindih pada lengan panjang kromosom Y, yaitu di bagian proksimal, tengah, dan distal, yang disebut AZFa, AZFb, dan AZFc. Faktor azoospermia memiliki beberapa kegunaan dalam tes klinis: pertama, hubungan antara lokus mikrodelesi faktor azoospermia dengan jenis air mani. Sebagai contoh, pada orang dengan disfungsi reproduksi, pasien lebih mungkin memiliki azoospermia daripada oligospermia berat ketika ada penghapusan pada AZFa dan AZFb. Kedua, mikrodelesi faktor azoospermia dapat bermanifestasi sebagai infertilitas idiopatik dan kriptorkismus. Kriptorkismus dan insufisiensi keturunan testis adalah kelainan diferensiasi pria yang paling umum, sering dikaitkan dengan gangguan spermatogenesis dan insiden kanker testis yang tinggi karena suhu perut yang tinggi, sedangkan mikrodelesi AZF dapat menyebabkan gangguan pada suatu tahap perkembangan sel germinal dan bermanifestasi dalam bentuk lesi testis yang khas. Seperti pada kasus sindrom inversi seksual:46, manifestasi klinis utama pada pria XX adalah displasia testis, kriptorkismus, penis dengan hipospadia, dan jumlah sperma yang sedikit atau tidak ada sama sekali. Ketiga, kejadian mikrodelesi faktor azoospermia pada pasien dengan varikokel mirip dengan kejadian lesi testis berat idiopatik. Skrining mikrodelesi AZF pada kelompok pasien ini dapat membantu diagnosis dan menghindari perawatan yang tidak perlu, seperti pembedahan untuk meningkatkan jumlah sperma pada pasien varikokel.