Mikroorganisme yang berbeda dapat menyebabkan penyakit yang berbeda pula, dan proses yang digunakan untuk merusak organisme juga berbeda. Kita semua mengenal penyakit infeksi kronis seperti tuberkulosis, hepatitis, AIDS, kutil, kusta, uretritis, dll. Mengapa penyakit-penyakit tersebut bertahan dalam praktik klinis? Banyak mikroorganisme yang tidak dapat sepenuhnya dibersihkan oleh respons imun, tetapi kebanyakan dari mereka tidak mematikan bagi manusia. Mikroba ini telah bertahan dalam populasi selama ratusan atau bahkan ribuan tahun, sangat berevolusi, dan telah mencapai kondisi kompromi dengan sistem kekebalan tubuh manusia. Mereka telah belajar untuk hidup berdampingan dengan kita manusia, mereka bergantung pada kita dan menggunakan kita manusia untuk bertahan hidup. Sebagai contoh, gonokokus memiliki banyak antigen yang bervariasi, seperti protein rambut bakteri, yang dikodekan oleh beberapa gen yang berbeda, hanya satu yang dapat diekspresikan. Gen yang dibungkam dari waktu ke waktu menggantikan gen yang diaktifkan di bagian hilir promotor bakteriorhodopsin. Dengan demikian, gen ini dapat membantu gonokokus menghindari serangan kekebalan tertentu. Spirochetes pucat yang menyebabkan sifilis memiliki molekul manusia yang dienkapsulasi pada permukaannya, dan juga molekul ini dilepaskan hanya setelah mereka menginfeksi jaringan, sehingga kekebalan humoral yang efektif tidak dapat berkembang. Sebaliknya, HPV yang menyebabkan kutil hampir tidak mungkin menghasilkan respons kekebalan karena sulit dikenali oleh sistem kekebalan tubuh.