Sebagian besar mual, muntah dan anoreksia yang disebabkan oleh kehamilan relatif parah di pagi hari, sedangkan reaksi gastrointestinal yang disebabkan oleh gastroenteritis dapat terjadi kapan saja sepanjang hari. Selain itu, kehamilan akan memiliki riwayat menopause yang jelas, sedangkan gastroenteritis belum tentu memiliki riwayat menopause. Gastroenteritis dapat menyebabkan ketidaknyamanan atau rasa sakit di perut bagian bawah atau perut, sedangkan kehamilan normal tidak menimbulkan rasa sakit. Diagnosis banding dapat dibuat dengan tes darah atau tes HCG urin, yang mungkin positif untuk kehamilan tetapi tidak untuk peradangan gastrointestinal, yang mungkin positif dengan tes tinja.