Ada hampir 100 jenis antibiotik, dan seperti obat lain, antibiotik juga memiliki reaksi yang merugikan. Yang utama adalah sebagai berikut: (1) Reaksi alergi. Penisilin, streptomisin, vankomisin, dan sebagainya dapat membuat orang mengalami reaksi alergi, yang dapat mengancam nyawa dalam kasus-kasus yang serius. Reaksi alergi yang disebabkan oleh antibiotik umumnya dikenal sebagai ruam obat, dermatitis, dan demam obat. (2) Reaksi beracun. Termasuk kerusakan saraf pendengaran, gangguan sistem hematopoietik, kerusakan ginjal, kerusakan hati, dan reaksi pencernaan. Sifat dan tingkat reaksi toksik bervariasi sesuai dengan jenis obat dan perbedaan individu pada pasien. (3) Infeksi sekunder. Infeksi ini lebih mungkin terjadi pada orang tua, bayi dan anak kecil, orang yang lemah, mereka yang menjalani operasi perut dan mereka yang menyalahgunakan antibiotik. Infeksi sekunder umumnya lebih sulit dikendalikan dan sangat berbahaya. (4) Resistensi obat. Sebagian besar bakteri resisten terhadap antibiotik. Dengan penggunaan antibiotik yang luas dan penyalahgunaan antibiotik yang disebabkan oleh penggunaan antibiotik yang tidak rasional, mengakibatkan meningkatnya jumlah strain yang resisten terhadap obat, dan bahkan munculnya superbug, yang mempengaruhi pengobatan penyakit, dan bahkan mungkin memiliki konsekuensi serius karena kurangnya antibiotik yang sensitif untuk mengendalikan infeksi. (5) Iritasi lokal. Injeksi antibiotik intramuskular, yang sebagian besar dapat menyebabkan nyeri lokal, injeksi intravena juga dapat menyebabkan tromboflebitis. Dapat dilihat bahwa antibiotik harus digunakan secara wajar, tidak pernah sebagai “obat penyembuh” secara sembarangan.