Fistula gingiva memiliki banyak etiologi, terutama disebabkan oleh infeksi gigi dan periodontal yang tidak diobati.
Secara bertahap, infeksi apikal atau pulpitis berkembang, diikuti oleh abses di ujung akar, yang nanahnya dapat menembus lempeng tulang, periosteum dan gingiva dan mengalir melalui fistula di gingiva. Fistula dapat ditutup kembali setelah bahan yang terinfeksi habis, dan kemudian dibuka kembali jika sejumlah nanah terakumulasi, dan seterusnya.