Dalam praktik klinis, banyak pasien mengalami hipotermia berkepanjangan tanpa penyebab yang dapat dideteksi. Suhu yang berkepanjangan antara 37,4 dan 38,4°C selama lebih dari sebulan disebut hipotermia berkepanjangan. Kedua, penyakit menular lainnya, seperti kolesistitis atau hepatitis virus pada organ dalam, dan peradangan kronis pada sistem saluran kemih, dapat menyebabkan terjadinya hipotermia berkepanjangan, yang mungkin tidak terdeteksi tanpa pemeriksaan yang cermat. Ketiga, beberapa penyakit sistem rematik juga dapat menyebabkan terjadinya hipotermia berkepanjangan, seperti penyakit jaringan ikat atau rheumatoid arthritis, yang dapat menyebabkan kemungkinan hipotermia pada pasien.