Gejala umum infeksi jamur intrakranial terutama menyebabkan pasien mengalami hipertermia sentral, suhu tubuh meningkat, sakit kepala, dan beberapa pasien mungkin juga mengalami gejala kebingungan dan iritabilitas ini, dan beberapa pasien mungkin juga mengalami kejang fokal. Ketika gejala infeksi intrakranial parah, pasien juga dapat mengalami kejang-kejang pada anggota badan dan kehilangan kesadaran, dan seringkali pasien juga dapat mengalami peningkatan tekanan intrakranial, sakit kepala parah, mual, muntah, dan masalah lainnya. Infeksi jamur intrakranial terutama terlihat pada pasien dengan resistensi rendah, dan pengobatan infeksi intrakranial relatif sulit. Karena kesulitan dalam mendiagnosis infeksi intrakranial, tusukan lumbal berulang dari cairan serebrospinal diperlukan untuk kultur jamur. Namun, bahkan di rumah sakit perawatan tersier, tingkat kultur positif mungkin hanya sekitar 10%, dan ada penghalang darah-otak di otak, sehingga banyak obat antijamur memiliki konsentrasi tinggi dalam darah, tetapi tidak dalam cairan serebrospinal, membuat pengobatan menjadi sulit.