Tingkat morbiditas dan mortalitas pasien dengan ensefalitis anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) yang parah berkisar antara 2,9% hingga 9,5%. Tingkat morbiditas dan mortalitas pada pasien dengan ensefalitis terkait antibodi anti-LGI1 adalah 6%. Berbagai jenis antibodi terkait ensefalitis autoimun menyebabkan berbagai situs keterlibatan sistem saraf pusat dan bervariasi dalam tingkat keparahan penyakit dan prognosis, dengan perkiraan tingkat kematian rata-rata 6%.