Ensefalitis autoimun adalah penyakit radang pada sistem saraf pusat yang terutama terkait dengan respons autoimun, yang terjadi ketika sistem kekebalan tubuh pasien “salah mengidentifikasi” jaringan otaknya sendiri sebagai antigen asing dan menghasilkan “serangan” terhadapnya. “Antibodi spesifik dan serangan kekebalan tubuh pada jaringan otak pasien sendiri dapat dipicu oleh infeksi dan akhirnya menyebabkan proses inflamasi pada jaringan otak. Mekanisme penyebabnya tidak diketahui dan pada tingkat yang lebih rendah mungkin terkait dengan faktor predisposisi seperti tumor dan infeksi, termasuk teratoma, tumor (sindrom paraneoplastik) dan infeksi virus herpes simpleks / infeksi Mycoplasma / Streptococcus.